מודעת זאת שבתורה שבכתב יש הרבה תיבות שיש בהם 'כתיב' ו'קרי'. כך למשל בפרשת השבוע כתוב (בראשית ל, יא) 'ותאמר לאה בא גד', ה'כתיב' הוא 'בגד', והקרי הוא 'בא גד'.
מסורת בעל פה
בספרי חז"ל אין לנו רשימה מסודרת של כל התיבות שכותבים אותם חסר או מלא. דברים אלו נמסרו למשה מסיני, הוא מסרה במסורה מדור לדור, ועל שם כך הם נקראים בשם "מסורה". בנוסף, קיימים עוד עניינים השייכים לכתיבת תנ"ך שנמסרו במסורה בעל פה, כגון המקומות בהם יש פרשה פתוחה או סתומה, ועוד.
חסרות ויתרות
השכחה ששלטה במרוצת הדורות, גרמה שלא זכרו את כל רשימת החסרות והיתרות, כאשר גם לא היה בידם הספר תורה שכתבו משה רבינו ועזרא הספר כדי לבדוק ולהגיה מתוכם. לגבי תיבות חסרות ויתרות, כבר מצינו בימי האמוראים שאמרו בגמרא (קידושין ל.) "אנן לא בקיאינן בחסרות ויתרות".
מסורת "בן אשר"
עד לתקופת הגאונים לא היה בין סופרי סת"ם נוסח מוסכם וברור של המסורה לכתיבת כ"ד ספרי תנ"ך. עד שבא חכם אחד ושמו רבי אהרן, ממשפחת 'בן אשר'. הוא התגורר בטבריה בתקופת הגאונים, וחשב לבר-סמכא ומומחה הגדול ביותר במסורה של התנ"ך.
בן-אשר, בזיכרונו העצום, בירר את המסורות של כל התיבות והפרשיות הפתוחות והסתומות בתנ"ך, והוא חיבר "תיקון-סופרים" כדי להעתיק ממנו בעת כתיבת ספרי התנ"ך.
מירושלים למצרים
ספרי "תיקון סופרים" של בן אשר היו בירושלים וכולם העתיקו ממנו. אחר כך עברו הספרים גם למצרים, והרמב"ם העתיק מתוכם לספרו את רשימת מסורת הפתוחות והסתומות, וכתב על כך בספרו (הל' תפילין ומזוזה וספר תורה פ"ח ה"ד), וז"ל:
"וספר שסמכנו עליו בדברים אלו, הוא הספר הידוע במצרים שהוא כולל ארבעה ועשרים ספרים שהיה בירושלים מכמה שנים להגיה ממנו הספרים, ועליו היו הכל סומכין לפי שהגיהו בן אשר, ודקדק בו שנים הרבה, והגיהו פעמים רבות כמו שהעתיקו, ועליו סמכתי בספר התורה שכתבתי כהלכתו".
"מסורת" של הרמ"ה
בדור שלאחר הרמב"ם, קם רבי מאיר הלוי אבולעפיה, הידוע בספרו 'יד רמ"ה', וחיבר את ספרו "מסורת סייג לתורה", לאחר שישב על המדוכה לברר היטב את המסורה האמיתית.
הכרעותיו של הרמ"ה התקבלו גם במדינות אשכנז וצרפת כהלכה למעשה עד היום הזה, אולם ספרו לא היה מצוי כל כך בדורות הקודמים, וגם בו חלו שיבושים בהעתקות שהעתיקו ממנו, כך לא היתה מסורת ברורה ממנו.
"אור תורה", ו"מנחת שי"
בזכות המצאת מלאכת הדפוס לפני יותר מחמש מאות שנה, ניתן היה להדפיס ספרי "תיקון סופרים" עבור כל אחד מישראל. ואכן בשנת רפ"ה נדפס לראשונה בוונציה חומש "מקראות גדולות" על פי המסורה שהעתיקו מכתבי יד מדוקדקים.
חרף הדקדוק הרב בחומש וונציה, עדיין לא הגיעו לתכלית הדקדוק, עד כעבור תשעים שנה, אז עמדו שני גדולי עולם וטרחו לבדוק כתבי יד מדויקים ומוסמכים. הלא הם: רבינו מנחם די לונזאנו, שהוציא לאור בשנת שע"ח את ספרו "אור תורה". ורבי ידידה נורצי, שהוציא לאור בשנת שפ"ה, את ספרו "מנחת שי", אשר בו מופיעה המסורת של כל ספרי תנ"ך.
המנהג כיום, לכתוב ספרי תורה בנוסח המשולב מהמסורת של האור-תורה והמנחת-שי, על פי מה שהכריע בספר 'קסת הסופר'.
מסורת הגאון מווילנא
כאמור, כלפי כתיבת ספרי תורה יש בדורנו ובימינו נוסח אחד מוסכם על כולם, הוא הנוסח של הקסת הסופר. אך שונים הם פני הדברים לגבי כתיבת ספרי נביאים, שכן בדורות הקודמים לא עמלו הקדמונים לברר את הנוסח המדויק של מסורת הנ"ך. הראשון ששינס את מתניו לברר את מסורת הנ"ך, היה הגאון מווילנא שציווה לתלמידיו לכתוב ספרי נ"ך כדת וכדין, על פי הוראותיו.
תיקון "ברדיטשוב"
בקרב הכותבים ספרי נביאים בימינו יש שתי מחנות של שני מנהגים, יש מגדולי הדור האחרון שסברו שעדיף לכתוב על פי הנוסח של תיקון "בן אשר", ויש מהם הסוברים שעדיף לכתוב על פי נוסח תיקון סופרים שנדפס בעיר "ברדיטשוב", ועל פי הנוסח המקובל מהגר"א.
המעדיפים לכתוב נוסח בן אשר טוענים כמה טענות: [א.] אין בידינו מסורת מהגר"א איך הוא כתב את ספרי הנביאים, ואין בידינו הרשימה של המגיהים שהיו באותו מעמד אצל הגר"א. [ב.] תיקון ברדיטשוב הוא רק על חמש מגילות, ולא על שאר ספרי הנביאים. [ג.] המסורת הנקראת 'כתר ארם צובא' הוא מבן אשר, ועליו ראוי לסמוך.
ואלו הכותבים על פי נוסח ברדיטשוב טוענים: [א.] אי אפשר לדעת בבירור שכתב ארם צובא הוא התיקון של בן אשר. [ב.] אף אם נוסח זה הוא מבן אשר, מכל מקום אנו סומכים יותר על הרמ"ה ובעלי המסורת אחריו. [ג.] נוסח ברדיטשוב הוא מסורת ברורה על פי הגר"א ועליו יש לסמוך.