"משמת רבי", כותבת המשנה, "בטלה ענוה ויראת חטא". כשפסקה שירת חייו של רבנו הקדוש נחתמה התקופה ולעולם ירדה חולשה. רבי כתב את המשנה והמסכת הזו תמה, שוב אין כוח בידי רבנן לדרוש מצוות מן התורה.
אך תלמיד הותיר לנו רבי בעולם, ארי שעלה מבבל והוא ר' חייא. רב היה חילו של ר' חייא בהפצת תורה, כמו שמובא בגמרא שהיה שותל ומגדל כותנה, אחר־כך היה קולע מהם רשתות וצד צבאים. את הבשר היה מאכיל ליתומים ואילו את העורות היה מעבד לקלף, להכין מהם מגילות. אז הלך לכפרים ועיירות שאין בהם מלמדי תינוקות והיה כותב את חמשת חומשי התורה לחמישה ילדים ומלמד את שישה סדרי המשנה לשישה ילדים אחרים, ואז אמר לכל ילד ללמד את מה שלמד לחבירו, "והיינו דאמר רבי כמה גדולים מעשה חייא (כתובות קג:).
בארץ ישראל היו מספר ישיבות ומקומות תורה וחמישה דורות של אמוראים פיכו בה ממעיינותיהם הזכים. כבבבל, אף הם חידשו בה הלוך ושוב בדברי התנאים. מפרשים ומבררים, מקשים ומיישבים, אך חוק לימודם היה מעט שונה. בעוד הבבלים העדיפו לבנות בנינים גבוהים בני נדבכים על גבי נדבכים של היכא־תימצות ואופנים שונים, הארצישראלים העמיקו על־פי רוב בחקירת היגיון ההלכה, תוך היצמדות למקורותיה בתורה.
אמוראי בבל כונו בתואר 'רב', בעוד אמוראי ארץ ישראל המשיכו להתכנות בתואר 'רבי'. בכמה מקומות בגמרא אנו רואים שהאמוראים בבבל החשיבו מאוד את תורת ארץ ישראל. כך במסכת סנהדרין (כד.): "א"ר אושעיא, מאי דכתיב ואקח לי שני מקלות לאחד קראתי נועם ולאחד קראתי חובלים, נועם אלו ת"ח שבארץ ישראל שמנעימין זה לזה בהלכה, חובלים אלו ת"ח שבבבל שמחבלים זה לזה בהלכה". ומפרש רש"י: "מחבלים, בלשון עז וחמה, מקשין זה לזה, ובני א"י נוחין יחד ומעיינין יחד ומתקן זה את דברי זה והשמועה יוצאה לאור". ובהמשך אותו עמוד: "מאי בבל, א"ר יוחנן, בלולה במקרא, בלולה במשנה, בלולה בתלמוד. במחשכים הושיבני כמתי עולם, אמר ר' ירמיה זה תלמודה של בבל". ומפרש רש"י: "במחשכים הושיבני, שאין נוחין זה עם זה ותלמודם ספק בידם".
בבתי התלמוד הירושלמי לא העמיקו כל־כך בפלפול, בשאלות של אוקימתא ואיפכא מסתברא, כמו בתי התלמוד הבבלי שלעולם לא נחו. ולכן במקומות שנחלקו ההלכה כבבלי, כי נוחותם ועוז חמתם הוציאה את האמת לאור.
הבדל נוסף בין התלמודים קשור לעובדה שהם זכו להמשיך לגור בארץ הצבי, ולכן ביארו אמוראי ארץ ישראל אף את סדר זרעים שעוסק במצוות התלויות בארץ, בעוד אמוראי בבל פירשו בו רק את מסכת ברכות.
היתה תעבורה רבתית, יחסית לתקופה, בין בתי התלמוד שבבבל לאלו שבארץ ישראל. כגון רבי זירא ורבה בר בר חנה, שעלו ללמוד מבבל ואמוראים רבים שירדו מארץ ישראל לבבל. גם החידושים והמנהגים חצו ארצות, וחכמי שתי המדינות הכירו זה את תורתו של זה, זאת אף אמנם שהם לא תמיד הסכימו זה עם זה.