משנחתמה המשנה על־ידי רבנו הקדוש תמה גם תקופת התנאים – אותם חכמים שבסמכותם היה לדרוש ולקבוע הלכות בי"ג מידות מהתורה. מכאן ואילך לא נמסר בידי החכמים, שנקראו עתה אמוראים, אלא לפרש ולבאר ממה ששיירו התנאים.
רבי יהודה הנשיא אסף וכתב את המשנה, אבל תלמידיו הוסיפו עליו ממה ששייר – את הברייתות והתוספתות. האמוראים בישיבות בבל גרסו את המשניות וגם את דברי התנאים שבשאר המובאות. למרות שדברי המשנה עולה בחשיבותה על הברייתא, שימשה להם הברייתא לקושיות ולראיות, כמו גם כמקור להיתלות על דברי תנא להצדיק שיטות.
בימים ההם חלו תמורות בעולם היהודי ומרכז התורה השתנה. גחלת היישוב בארץ הקודש הלכה וכבתה, בית המקדש כבר היה חרב מזה שנים רבות והרומאים הגבירו עוּלם בגזירות. היו ניסיונות מרד, שחלקם נכשלו מיד וחלקם נחלו הצלחה מסוימת לזמן־מה, אבל שום דבר כבר לא דמה למה שהיה. אז החלה קרנה של ארץ בבל להתרומם כמרכזו החדש של עם הספר. משם יצאו תורה והוראה ושם התפתחה השלב הבא של התורה שבעל־פה – התלמוד – הלוא היא הגמרא.
בסורא ובנהרדעא עסקו בשקלא וטריא, משא ומתן בדברי המשנה – להבין את סברות ומקורות ההלכה, לחקור היאך היא נדרשת מן התורה; גם להקשות מפרקים ומסכתות אחרות, כמו סתירות בדברי אותו תנא בהזדמנויות שונות; פלפולים כדי להסיק הלכות בשאלות המתחדשות, וחקירות בסברות של גזירות ותקנות כדי לפסוק אם הן חלות בסיטואציות ייחודיות.
הם גרסו בעל־פה תלי תלים של דברי הלכה ואגדה על כל תג במשנה, שבאותה עת כבר היתה כתובה וערוכה. התלמידים שנהרו לישיבות השונות, ואז עברו בין מתיבתא אחת לחברתה, הפיצו את תלמודם וגרמו לחילופי דברים שהוסיפו רבדים נוספים לשקלא וטריא של האמוראים. חידושיהם התבדרו בין מתיבתות וקהילות בבל ומשם לכל תפוצות העם, הוראותיהם ותקנותיהם התפזרו מסביב לפרת והחידקל ומשם לכל תפוצות הגולה ואף לארץ ישראל.
וכך מתאר הרמב"ם את מעשי האמוראים ומלאכתם בתורה לאחר חתימת המשנה:
"ולא חדל דור אחר דור להתבונן ולחקור בה ולפרש אותה, כל חכם כפי חכמתו ובינתו, ונחלקו בפירוש קצת הלכות ממנה לפי רוב השנים. ואין חבורה מהם שלא חקרה והתבוננה במשנה וגילתה חידושים, והביאה ממנה דמיונים על עניינים אחרים, עד שהגיע הזמן לרבינא ורב אשי שהם האחרונים מחכמי התלמוד".
כמו כן, כמנהיגי הדור הוסיפו האמוראים להורות גזירות והרחקות נחוצות ולתקן הנהגות נדרשות כפי שעשו חכמי כל דור ודור.
נמצא על כן סדר נתינת התורה: שהיתה בעל־פה מאת משה שקיבלה במעמד הר סיני, ועברה בקבלה וניתוספה ונתעבתה בדרושי הלכות ממידות התורה בכל הדורות – עד שבא רבנו הקדוש וחתמם במשנה, ומסביבה פירשוה האמוראים והוסיפו לשקול ולטור בה.