בפרשת השבוע אנו לומדים על בגדי הכהונה, שנעשו מפשתן וחלקם גם מתכלת וארגמן ותולעת שני. דבר חידוש כותב רבנו בחיי (פרשת תרומה) וז"ל: "ולא מצינו משי בנדבת המשכן, לפי שהוא יוצא מגוף השרץ שהוא התולעת, ולא הוכשר למלאכת שמים אלא דבר טהור, וכעניין שאמרו (שבת כח ע"א) בתחש. וצבע תולעת השני אינו מגוף התולעת, אלא מתוך גרגרים שהתולעת בתוכם", עכ"ל. חידש כאן רבנו בחיי, שבגדי משי אינם ראויים למלאכת שמים, כיון שיוצאים מהתולעת, ולכן לא הביאו משי למשכן.
אולם יש לציין שהאבן עזרא כאן כתב לפרש, וז"ל: "ותולעת שני, וכו', ובעבור תולעת אמרו רבים כי הוא משי", עכ"ל. הרי שדעת האבן עזרא שמה שנזכר בכתוב "ותולעת שני", היינו חוט של משי, ושפיר הוכשר למלאכת שמים, ודלא כדעת רבנו בחיי. גם באברבנאל פרשת תרומה כתוב שהתכלת והארגמן היו משי צבוע בצבע תכלת או ארגמן, ומבואר שם שהיה עניין מיוחד דווקא לקחת משי שהוא דבר הבא מן החי.
נידון זה נוגע למעשה לכל בית כנסת, כפי שכתב בשו"ת חתם סופר (או"ח, סי' ל"ט ד"ה עוד) לאחר שהביא את דברי רבנו בחיי, וכתב על זה, וזל"ק: "עוד צריך לעיון גדול, איך מצאנו ידינו ורגלינו בכל צרכי בית הכנסת שאנו עושין ממשי, והוא מתולעת שטווה מרוקו חוטין כמו קורי עכביש, וכו', ואם כן איך ניקח אותו לצורך בית הכנסת ומעילי ספר תורה וכדומה", עכ"ל. בדבריו שם הוא מאריך ומסיק שאין חשש להשתמש במשי למלאכת שמים.
יש הטוענים שהמשי אינו נחשב כלל כדבר טמא, כפי שהביא בספר גינת ורדים (או"ח, כלל ב', סימן ט"ז) תשובה ארוכה מאת המהר"ם בן חביב, כיון שהוא נעשה מהריר של התולעים כמו קורי עכביש, וריר של התולעת אין לו שום טעם והוא כעפר. והסיבה שלא הביאו משי למשכן היא מחמת טעמים אחרים (וראה בזה גם בשו"ת חסד לאברהם מהדו"ת תניינא או"ח סימן י"ב).