את פירושו על התורה שבכתב פותח רבינו רש"י הקדוש במילים אלו: 'בראשית, אמר רבי יצחק, לא היה צריך להתחיל את התורה אלא מהחודש הזה לכם, שהיא מצוה ראשונה שנצטוו בה ישראל, ומה טעם פתח בבראשית? משום כח מעשיו הגיד לעמו לתת להם נחלת גוים וכו'.
כבוד לאביו בתחילת התורה
פולמוס גדול התעורר לדמותו של אותו 'רבי יצחק' שרש"י בוחר להביא את דבריו בפתח פירושו על התורה.
כבר בדברי הראשונים אנו מוצאים מי שכתב שאותו רבי יצחק הוא אביו של רש"י. כך מופיע בפירוש על התורה לרבי חיים פלטיאל, תלמידו של מהר"ם מרוטנבורג, שכותב: 'וזאת המימרא דרבי יצחק, כל בעלי מדרשים ביקשוה ולא מצאו מקומה, אך קבלה היא שרבי שלמה אמרה בשם ר' יצחק אביו', עכ"ל (אגב, רבי חיים פלטיאל מוסיף שם, דבר נפלא, שרש"י פתח את פירושו באות א' [אמר רבי יצחק], וסיים את פירושו באות ת' [ישר כח ששברת]).
'שאל קושיא ואכתבנה על שמך'
גירסא מורחבת יותר מביא רבינו הט"ז בחיבורו 'דברי דוד' על פירוש רש"י, וז"ל: 'נהירנא כד הוינא טליא, ראיתי כתב אחד, ישן נושן מאוד, ביאור רש"י, כתוב בו שזה המאמר בשם ר' יצחק שמביא רש"י אינו מוזכר בשום מדרש או תלמוד, אלא שמה שאמר 'מה טעם פתח בבראשית כו', הוא מדרש, ולא דברי ר' יצחק, אלא שזה רבי יצחק היה אביו של רש"י, ולא היה למדן גדול, ורש"י רצה לכבד אביו ולהזכירו בתחילת חבורו ואמר לו [רש"י לאביו]: שאל איזה קושיא ואכתבנה על שמך, והקשה לו [אביו] סתם: למה התחילה התורה בבראשית כו", עכ"ל הט"ז.
כלומר, המשך דברי רש"י מהמילים 'מה טעם פתח מבראשית', מקורו במדרש, אבל תחילת הקושיא של 'אמר רבי יצחק לא היה צריך להתחיל את התורה וכו' '- זאת הקשה אביו של רש"י.
אביו של רש"י היה תלמיד חכם
אולם הט"ז מעיר שמה שמובא באותו כתב יד שאביו של רש"י לא היה למדן גדול, זה אינו נכון, שהרי רש"י בפירושו על הש"ס (ע"ז עה, א ד"ה לא פליגי) מביא פירוש בשם אביו וכותב: "לשון אבא מורי מנוחתו כבוד והוא נראה בעיני", עכ"ל. (וכן העיר החיד"א בנחל קדומים (בראשית א), ובשם הגדולים (מערכת גדולים, מערכת ש' אות לה).
המקור: במדרש ובזוהר
לעצם העניין המובא בפירוש רבי חיים פלטיאל, וכן באותו כתב יד, כביכול מאמר זה אינו מזוכר בשום מדרש, כבר העיר הרה"ק בעל בני יששכר זי"ע בספרו אגרא דכלה (לפרשת בראשית, ביאורי רש"י), שמקור מאמר הוא במדרש תנחומא (והוא במדרש 'תנחומא ישן', בראשית אות יא). [אבל מדרש תנחומא זה לא היה לפני האחרונים, שכן התנחומא ישן נדפס מכתב יד רק בשנת תרמ"ה].
עוד העיר החיד"א (שם הגדולים) שמאמר זה מובא גם בילקוט שמעוני (פרשת בא רמז קפז) בשם רבי יצחק. ועוד ציינו האחרונים שגם רש"י עצמו בפירושו על תהלים (קיא ו) על הפסוק כח מעשיו הגיד לעמו, מביא ענין זה בשם מדרש תנחומא.
בנוסף, העיר החיד"א (נחל קדומים שם), שעצם הקושיא מדוע התורה אינה נפתחת בהחודש הזה לכם כבר מובא בזוהר הקדוש (פרשת בא לט:).
בעקבות כל ההערות הללו כותב בחריפות בספר 'נפתלי שבע רצון' (נדפס בשנת תס"ח) על אותו מפרש בכתב-יד שהביא הט"ז: "על כן אני אומר על המפרש הנזכר שגם הוא לא היה צריך להתחיל את התורה בזה…"
כבוד אביו ברמז שמו
כדי ליישב את כל הקושיות הללו, מציע בספר תפארת יוסף (ביאורים על רש"י, פראג שנת תפ"ה) הסבר מעניין. שבאמת מאמר זה מקורו בבראשית רבה (א, ב) בשם רבי יהושע דסיכנין, ורש"י בחר להביאו דווקא בשם רבי יצחק כמובא בתנחומא, ולא בשם רבי יהושע דסיכנין כמובא במדרש רבה, וזאת כדי לרמז את שם אביו 'רבי יצחק' בתחילת ספרו.
בעל ה'אגרא-דכלה', ממתיק את הדברים ביתר שאת, שלכאורה לא היה צריך רש"י כלל להביא את בעל המאמר, כשדרכו ברוב המקומות בפירושו שאינו מביא את בעל המאמר במדרש, ובהכרח שכאן הזכיר את התנא רבי יצחק המוזכר במדרש, כדי לרמז בזה גם את שם אביו בתחילת ספרו.
ובפרט – מוסיף האגרא דכלה – לפי הידוע שצריך כל אחד לרמז את שמו בתחילת ספרו, אולם מאור עינינו רש"י ז"ל לגודל ענוותנותו לא רצה לרמז את שמו, אלא רמז אביו בתחילת ספרו, לרמז על כל הספר מתחילתו ועד סופו שכל זה אמר רבי יצחק, משום שאביו הצדיק השליך לים אבן יקרה שביקשו ממנו לעבודה זרה, והבטיחו לו משמים שיזכה לבן שיאיר עיני ישראל בתורתו, כך שכל הפירוש על התורה הוא בזכותו של רבי יצחק.