בחומשים רבים מודפס, בנוסף על תרגום אונקלוס, גם תרגום נוסף בשם 'תרגום יונתן בן עוזיאל', ובחלק מהם מופיע גם עוד תרגום בשם 'תרגום ירושלמי'. תרגום יונתן אינו משמש רק כתרגום התיבות, אלא יש בו הרבה מדרשים וסודות.
ההנחה הפשוטה היא, שתרגום יונתן בן עוזיאל, כשמו כן הוא – תרגום שנכתב על ידי התנא האלוקי יונתן בן עוזיאל, הגדול מבין שמונים התלמידים של הלל הזקן. אך להלן נגלה שהדברים אינם מוסכמים כלל.
המהרש"א: יונתן לא פירש
ההוכחה המרכזית לכך שתרגום זה על התורה לא חובר על ידי יונתן בן עוזיאל, מבוססת אל הגמרא במסכת מגילה (ג, א) שם נאמר: 'תרגום של תורה – אונקלוס הגר אמרו; תרגום של נביאים – יונתן בן עוזיאל אמרו מפי חגי זכריה ומלאכי וכו', ועוד ביקש לגלות תרגום של כתובים, יצתה בת קול ואמרה לו דייך וכו", ע"כ. הרי מבואר שהוא תרגם רק את ספרי הנביאים בלבד.
כך כתב שם המהרש"א בחידושי אגדות וז"ל: 'שלא היה יונתן חש לפרש התורה וכו', ולא היה מפרש רק נביאים דאיכא מילי דמסתמן, עד שבא אונקלוס ופירש לדורו גם התורה'.
התוספות: כך תרגם יונתן
ברם, לעומת זאת אנו מוצאים בכמה ראשונים וקדמונים המזכירים כבר את תרגום יונתן על התורה. כך למשל התוספות במסכת חגיגה (כז, א ד"ה סלמנדרא) מביאים את תרגום יונתן על הכתוב (ויקרא יא, כט) החולד והעכבר – כרכושתא וסלמנדרא. כך גם בנימוקי יוסף במסכת בבא מציעא, סוף פרק אלו מציאות, מזכיר את תרגום יונתן על הפסוק 'עוד יוסף בני חי'.
פנים מאירות: יונתן תרגמו מפי הנביאים
בהרחבה יתירה אנו מוצאים בשו"ת פנים מאירות (ח"א סי' כ') בתוך דיון הלכתי האם צריך לכתוב בגט את שם העיר כפי שהוא נקרא בלשון הגוים, והוא כותב וז"ל: 'ומה שכתב מר להביא ראיה מתרגום יונתן פרשת שלח… ובר מכל זה לדעתי אין לנו להקשות על תרגום יונתן מנ"ל דבר זה מקרא, כי הוא לא עשה פירושו כפירוש תרגום אונקלוס או פי' רש"י ושאר מפרשי התורה, רק דבריו היו על פי קבלה מנביאים חגי זכריה ומלאכי, וגילה לנו רזין דרזין מה שאין לנו שום רמז ורמיזה מהוכחת הפסוק…'. הרי שנקט בפשיטות שהתרגום נכתב על ידי התנא יונתן בן עוזיאל.
סתירת המהרש"א?
בירור מקיף בענין זה כתב רבינו החיד"א בספרו שם הגדולים (מערכת ספרים אות ת, [צו] ערך תרגום יונתן) שהביא כל האמור לעיל, וכן את דברי המהרש"א במגילה הכותב שיונתן לא תרגם את התורה, אך מנגד הוא מביא שהמהרש"א עצמו במקום אחר (מגילה כה, א) מזכיר את תרגום יונתן על התורה [א.ה. המהרש"א שם מביא בשם "ת"י", ויתכן שהוא ראשי תיבות תרגום-ירושלמי].
הוא תרגום ירושלמי
בהמשך מביא החיד"א את דברי מהר"י חאגיז בספרו קרבן מנחה (סי' נד) הכותב שתרגום יונתן על התורה לא נכתב על ידי התנא יונתן בן עוזיאל, אלא הוא תרגום ירושלמי. גם בספרו שו"ת הלכות קטנות (ח"ב סימן קע) הוא כותב: 'הוכחתי שתרגום שני הוא מיוחס ליונתן בן עוזיאל, והוא לא היה המתרגם, שיש בו הרבה תיבות משונות מתרגום נביאים, גם הערוך כשמביא בשמו אומר בירושלמי תרגם, וכשמביא מן הנביאים אומר תרגום יונתן'.
לקביעה זו מצטרף גם החיד"א שם בשם הגדולים, ומוכיח מכמה מקורות קדומים שהביאו ציטוטים מתוך תרגום יונתן וקראו לו בשם 'תרגום ירושלמי'.
כתבי יד דומים
גם הגאון מהר"ץ חיות בספרו אגרת ביקורת (דף יז), בירר בהרחבה שתרגום יונתן הוא למעשה תרגום ירושלמי, שהתחבר מאות שנים לאחר הסתלקותו של התנא יונתן בן עוזיאל, ועוד הביא מאחד שראה שני כתבי-יד דומים, על האחד כתוב תרגום ירושלמי ועל השני כתוב תרגום יונתן. וכן נקט בפשיטות היעב"ץ ב'לחם שמים' (סוף מסכת מגילה).
גם בהקדמה לספר 'אהבת יונתן' על תרגום יונתן, מוכיח שתרגום זה אינו מיונתן בן עוזיאל, ואחת הראיות היא מכך שהתרגום מביא דברים שאירעו אחרי מותו (אם כי יתכן שהוא כתב כך ברוח הקודש על העתיד להיות).
פענוח לא נכון
כמה מהספרים הנזכרים, כתבו השערה שהכינוי 'תרגום יונתן' הוא טעות שהתגלגלה עקב פיענוח לא נכון של ראשי התיבות ת"י, שהכוונה בהם היתה 'תרגום ירושלמי'.
על כל פנים, מה שנדפס כיום בחומשים שני תרגום, האחד בשם תרגום יונתן והשני בשם תרגום ירושלמי, למעשה מדובר בשתי גרסאות של תרגום ירושלמי.
ממקום קדש יהלך
נחתום את היריעה במה שכתב בשו"ת חמדת שאול (סימן נד): 'ואל יקל בעיניו התרגום הלזה, כי אפילו אם אינו מיונתן בן עוזיאל, אבל עם כל זה ממקום גדול וקדוש יהלוך, וכל דבריו אמורים ברוח הקודש…על כן צריך לייגע על דבריו ולהבינם'.