רבי יעקב נולד לאביו רבי בנימין אהרן סלקין, בעל מחבר 'שו"ת משאת בנימין' ורבה של העיר פודהייצה בפולין, לפני למעלה מארבע מאות שנה. הוא קיבל תורה מאביו, שהיה מחשובי הרבנים בוועד ארבע ארצות ומגדולי הפוסקים בדורו. וכך כותב האב על בנו בתשובה בספרו: "גבר בן הגברים, תבורך מכל עברים, נחלת יעקב בלי מצרים, אתה אהובי בני האלוף".
הוא כיהן כאב"ד בבית הדין ור"מ בישיבה, ולאחר פטירת אביו מילא את מקומו ברבנות העיר פודהייצה. ספרו 'נחלת יעקב' על פירוש רש"י שעל התורה נדפס לראשונה בקראקא בשנת ה'ת"ב, ובשנת ה'תפ"ו נדפס שוב בקושטא יחד עם פירוש המזרחי לרבנו הרא"ם.
חיבורו מתאפיין בהרחבת כל הציטטות מהמשנה, התלמוד והמדרשים, כמו גם משא מתן נרחב בדברי המזרחי. וכך נכתב בדף השער של דפוס ראשון: "זאת נחלת עבדי ה', נחלה בלי מצרים ובלי דחקים, פתוח לרווחה ביאור רחב וממולא על פירושו של הרב הגדול רש"י זצק"ל שחיבר על חמישה חומשי תורה, וזה משפט הנחלה והמנוחה אל כל דברי הספר של פרש"י החתום והסתום… לא כן דברי הגאון מהר"ר אליה מזרחי ז"ל, עם היות שהיה חכם גדול, לפי שסמך על חריפותו וזך שכלו לא ביקש למצוא דברי חפץ בפתחי הש"ס ובתוספות ובספרים הנ"ל, לא כן נחלה זו שהחיים מורישים את המתים לדובב שפתותיהם בקבר".
ועל הסיבות שהביאוהו לחבר את חיבורו הכביר הרחיב בצורה נפלאה ומפורטת בהקדמתו:
"על כן קמתי אני ושמעתי מוסר אבי, אשר חנכני מנעורי עפ"י דרכי, לקיים מדי שבת בשבתו שמו"ת גם פרש"י, ובגלל הדבר הזה למדתי על יד על יד מה שהספיק הזמן בפירש״י ובביאורי הרא״ם, והדבר אשר יקשה עלי כתבתי להיות לזכרון לי ולבני גילי. ולפעמים שהקשיתי על דבריו וסתרתי אותם וקניתי לי נחלה אחרת, והמעיין יראה ויבחר; ולפעמים שהיו דברי הרב פשוטים בעיניו ולא פירש כלום לרוחב שכלו ולגודל חריפותו, ודוכתא קשה לי ודחיקא שעתא למיעוט הבנתי וקוצר השגתי; ולפעמים נראה בעיניי שנעלם ממנו איזה דבר בש״ס או מדרש, ובפרט דברי התוספות, ואני לדעתי יגעתי ומצאתי תודה לא־ל מקור מוצא מאין יצא לרש״י ז״ל; ולפעמים כתבתי פירוש המדרש רבה, המכילתא, ספרא, ספרי, וגם בש״ס רש״י תוספות, כדי שיתבררו הדברים ויתלבנו דברי הרב היטב".
פירוש ה'נחלת יעקב' המפורט והרחב מהווה כר נרחב לכל ספרי הביאורים והליקוטים על פירוש רש"י, למן דורו ועד דורנו אנו, שסמכו על דבריו. כמה מחברים אף הקדישו ספרים שקמו להגן על פירוש המזרחי מפני השגותיו וקושיותיו.