ר' שבתי נולד בשנת ת' לערך, בעיר קאליש שבפולין. את תורתו קנה בפראג, שם כיהן גם כשליח ציבור ובעטיו זכה לכינוי שבתי משורר בס. ליבו היה ער בקרבו לקושי בהבנת לימודים ולמצוקות בחוסר ספרים. לכן כבר בצעירותו הוציא לאור מהדורה חדשה מחיבור לילדי תשב"ר בשם "באר משה", שכולל ביאור בשפת היידיש על חמשה חומשי תורה.
אחרי תקופת לימודיו בפראג גלה על פני כמה מקומות תורה באירופה, עד שהגיע לאמסטרדם ושם הקים בית דפוס וההדיר והוציא לאור ספרים. בין הספרים שחיבר נמצא ספר שהיה חידוש בשדה היצירה התורנית, הספר "שפתי ישנים" שהיה לביבליוגרפיה העברית הראשונה. המאגד את רשימת הספרים שהגיעו לידיעתו, שמות מחבריהם, מקום הדפסתם ותמצית תוכנם.
אולם ספרו העיקרי "שפתי חכמים", שהגדרתו כפי הנכתב בדף השער: "והוא פירוש נחמד על דברי רבינו הגדול רש"י זצ"ל על התורה וחמש מגילות", נפוץ עד מהרה על פני כל הארץ.
וכך מתוארת תרומת הספר בהמשך דף השער: "ומאסף לכל המחנות שנלקח מכל דברי בעלי תריסין נדולי המחברים קדמונים ואחרונים אשר ביררו דברי רש"י זצ"ל. והיא דבר שנאמר ונשנית בשביל דבר שנתחדש בו דברים נחמדים באיזו מקומות השבחים שלא נתפרש בהראשוני', ולרוב התועלת נדפס בכרך בפני עצמו דבר דבור על אופנו כדי לחברו לכל ספרי חומשים".
בהקדמתו לספר מתאר המחבר באופן המדוייק ביותר את מטרת חיבורו של הספר:
"והנה מיום עמדי על דעתי הייתי משתאה ומחריש כי כמה פעמים ראיתי ושמעתי בהרבה קהלות שהבחורים באים לבית הכנסת ביום השבת וזה אל זה שואלים בדברי רש"י זצ"ל, ונתן הספר אל איש לאמר קרא נא זה ואמר אוכל וגם אקרא ואז בקול רעש גדול אדיר וחזק משמיעים קול לעומתם זה אומר כה וזה אומר כה עד שאחר כך הוכרח לומר לא אוכל בי חתום הוא. ואם יש אחד מהם שקרא קצת במפרשים ואומר הפירוש והפשט ואז מראין עליו באצבע לאמור החדש הזה לכם כזה ראה וחד"ש. ואף לזאת יחרד ליבי ואמרתי אם יהיה אלהים עמדי ושמרני בדרך אלך לי אל מקום אחד וצדק צדק ארדוף אחר מקום דפוס יפה ואדפיס חומש עם קצור מפרשים. כל כוונתי לא היה כי אם למה שצריך לפירוש רש"י, אבל כל מקום שהמזרחי ובעל נחלת יעקב והאחרים הלכו בגדולות ובנפלאות בבקיאותם בקושיות ובפלפולים מהש"ס לא הכנסתי ראשי בין הרים גדולים וכתבתי רק מה שהוא כפשוטו להבנת רש"י ז"ל".
נראה שבעל השפתי חכמים הותירנו בלא מילים כי הוא כבר סיכם את כל מגמתו בהקדמתו, אבל אם נותר מעט מקום להתגדר בו אפשר לומר, שהוא היה הראשון שסלל את הדרך למבארים בני זמננו. בהקדישו את ביאורו שיהיה שווה לכל נפש, צמוד לפשט מבלי להכביר בהוספות על רש"י.